Content Templates (Contemplate) モジュールを利用してコンテンツの表示についてカスタマイズを行なうと、設定の方法によってはトラックバックの URL や内容が表示されない場合がある。
通常の使用では問題ないのだが、Contemplate を使っているのであれば、トラックバックの表示位置もカスタマイズできる方が都合がいいので、その方法。

trackback.module の function trackback_nodeapi 以下の case 'alter': 部分に修正を加える。
修正によって追加された箇所とコメントアウトされた部分を強調表示しています。

case 'alter':
        if ($node->can_receive) {
          $url = url('node/'. $node->nid, NULL, NULL, TRUE);
          $tb_url = url('trackback/'. $node->nid, NULL, NULL, TRUE);
          $autodetect_comments .= "\n<!--\n";
          $autodetect_comments .= "<rdf:RDF xmlns:rdf=\"http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#\" xmlns:dc=\"http://purl.org/dc/elements/1.1/\" xmlns:trackback=\"http://madskills.com/public/xml/rss/module/trackback/\">\n";
          $autodetect_comments .= "<rdf:Description rdf:about=\"$url\" dc:identifier=\"$url\" dc:title=\"$node->title\" trackback:ping=\"$tb_url\" />\n";
          $autodetect_comments .= "</rdf:RDF>\n";
          $autodetect_comments .= "-->\n";
        }
        if (!(($_POST['op'] == t('Preview') || ($_POST['op'] == t('Submit') && form_get_errors())))) {
          if ($teaser && $node->can_receive) {
//            $node->teaser = $node->teaser . $autodetect_comments ."\n";
            $node->content['trackback'] = array(
              '#value' => $autodetect_comments . "\n",
              '#weight' => 12,
            );
          }
          else {
            if ($node->can_receive) {
//              $node->body .= $autodetect_comments ."\n";
//              $node->body .= theme('box', t('Trackback URL for this post:'), url('trackback/'. $node->nid, NULL, NULL, TRUE));
              $node->content['trackback'] = array(
                '#value' => $autodetect_comments . "\n" . theme('box', t('Trackback URL for this post:'), url('trackback/'. $node->nid, NULL, NULL, TRUE)),
                '#weight' => 12,
              );
            }
            if ($node->can_receive && count($node->trackbacks_received)) {
              foreach ($node->trackbacks_received as $tr) {
                $trackbacks .= theme('trackback', $tr);
              }
//              $node->body .= theme('trackbacks', $trackbacks);
              $node->content['trackback']['#value'] .= theme('trackbacks', $trackbacks);
            }
          }
        }
        break;

上記のように修正した後、Contemplate に以下のように記述することで、トラックバックの出力位置をカスタマイズできます。

<?php
  print $node->content['trackback']['#value'];
?>

[ 参考 ]
print informations on $node->content[] instead of altering $node->body | drupal.org