テーマを作成するための概要として Drupal handbook の Theme developer's guide や PHPTemplate Theme Snippets に記載してある内容を自分なりにまとめていく予定です。

カスタマイズの段階としては、簡単な方から順に以下のような選択肢がありますが、詳細なカスタマイズを行うためには Drupal API を含めた PHP などの知識が必要になります。

1. 既存のテーマを元に CSS （style.css など） のみをカスタマイズ
2. CSS および各表示部分のテンプレート （page.tpl.php など） をカスタマイズ
3. テーマエンジンの定義を上書きし （template.php など）、CSS および各表示部分のテンプレートをカスタマイズ

※ テーマファイル内に記述する PHP や （X）HTML に関するコーディングについてのガイドラインは Drupal handbook の Coding standards や Theme coding conventions で確認できます。
※ また、CSS に関する詳細なガイドラインを見つけることができませんでしたので、このサイトでは、2xup.org で提案されている スタイルシートを書く時のガイドライン を参考にさせていただきたいと思います。