XREA （無料）サーバで、システムやモジュールのアップデートを行なうために必要な update.php の実行を行なうとエラーが発生する。

広告の自動挿入を停止することで解決。

このトラブルに限らず、ModLayout による広告の自動挿入が原因と考えられるすべてのケースで有効な解決方法ですが、「自分で広告の HTML を挿入すること」 「XREA で正式にサポートされているものではないため、将来的には非対応になる可能性があること」 「ウェブの反応速度の低下が確認されていること」 などに注意が必要です。
※ 詳細は XREA&CORE SUPPORT BOARD - View Single Post - 広告形式について に記載されています。

この問題を解決するために、.htaccess ファイルに以下の部分を追加して、ModLayout による広告の自動挿入を停止します。

LayoutIgnoreURI *

また、XREA （無料）サーバでは、広告についての規定として、1280 x 1024 ピクセルの画面で見て、スクロールする必要がない位置に表示することが定められていますので、規定された範囲内の任意の場所に広告を表示するための設定として、テーマファイルである themes\garland\page.tpl.php の広告を表示させたい場所に、以下のような広告コードを追記する必要があります。
赤字の部分はユーザによって適切なものに修正してください。

<script type="text/javascript" src="http://imgj.xrea.com/xa.j?site=username.s000.xrea.com"></script>
<noscript><iframe height="60" width="468" frameborder="0" marginheight="0" marginwidth="0" scrolling="no" allowtransparency="true" src="http://img.xrea.com/ad_iframe.fcg?site=username.s000.xrea.com"><a href="http://img.xrea.com/ad_click.fcg?site=username.s000.xrea.com" target="_blank"><img src="http://img.xrea.com/ad_img.fcg?site=username.s000.xrea.com" border="0" alt="xreaad"></a></iframe></noscript>

広告の HTML コードは利用しているテーマファイルの表示したい部分に記述します。