クリーン URL とは、デフォルトで http://example.com/?q=xxxxx と表示されるサイト内の URL を ?q= を含まない URL に設定する機能です。
この設定は必須ではありませんが、一般的には URL に ? などの記号がある動的な URL よりも SEO に有効だといわれているようです。

クリーン URL の設定は [管理セクション] → [サイトの環境設定] → [クリーン URL] から行えます。

デフォルトでは、クリーン URL は無効になっていますので、最初にクリーン URL の設定が可能かどうかのテストを行います。このテストに成功することでクリーン URL の機能を有効にすることができるようになります。
クリーン URL についての解説の最後に「クリーン URL テストの実行」のリンクがありますので、そこからテストを実行します。

テストが成功すると、クリーン URL の無効/有効が選択できるようになり、有効が選択された状態になりますので、有効にしたい場合はそのまま「設定の保存」を行います。
※ クリーン URL テストが成功しない場合は、Apache で mod_rewrite が有効になっていないなどの理由が考えられます。

設定が保存されると以下のようなメッセージが表示されます。