Pathauto では記号やスペースを指定したセパレータに置き換えて、URL パスを生成することができる。
デフォルトではセパレータとしてハイフン（-）が設定されているのだが、パスの生成アイテムの内容にアンダースコア（_）が含まれている場合、このアンダースコアもハイフンに置き換えられる。
これを、アンダースコアの場合はハイフン（指定したセパレータ記号）に置き換えないようにするための方法。

pathauto.module の // Preserve alphanumerics, everything else becomes a separator 部分に修正を加える。
修正によって追加された部分を強調表示しています。

  // Preserve alphanumerics, everything else becomes a separator
  $pattern = '/[^_a-zA-Z0-9]+/ ';
  $output = preg_replace($pattern, $separator, $output);

[^a-zA-Z0-9] を [^_a-zA-Z0-9] にように、アンダースコア（_）を条件に追加しただけです。
[^_a-zA-Z0-9] ＝ \W なので、\W を利用した方がすっきりしているのかもしれません。