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設定→コードページ→mlang.dllを･･･→日本語(自動選択)
ここは 「日本語（自動選択）」 ではなく、「自動選択」 を選択しています。どう違うのかの動作確認はしてないので何とも言えませんが...
> WinMerge ではエンコードの異なるファイルの比較はできないようなので、 などと無責任なことを書きましたが、WinMerge 日本語版 - 変更履歴 に
2007/04/09 2.7.3.3+-jp-1 BOM 付き UTF-8 のファイルと SJIS のファイルを比較したとき一行目に差異がなくても差異があるように表示される問題の修正
とありましたので、少なくとも私の使っている 2.7.3.3+-jp-1 （実験版）では、比較できるみたいでした...
書式オプションに関するさらに詳しい情報...
自動選択は、
2007-05-15(火) 00:31 － 0829ここは 「日本語（自動選択）」 ではなく、「自動選択」 を選択しています。どう違うのかの動作確認はしてないので何とも言えませんが...
> WinMerge ではエンコードの異なるファイルの比較はできないようなので、
などと無責任なことを書きましたが、WinMerge 日本語版 - 変更履歴 に
とありましたので、少なくとも私の使っている 2.7.3.3+-jp-1 （実験版）では、比較できるみたいでした...