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Google Analyticsの例を見ると外部スクリプトを呼び出す部分は＜head＞～＜/head＞じゃなくてもいいのかな?

表示されるかどうかという問題であれば、OK でしょうね。
これもまた、個人的な問題ですが、スタイルは css ファイル、Javascript は js ファイルとして別個に呼び出すという方が理にかなっているような気がするのと、できるだけローカルで作業したいということで…共有サーバですからね。

コードタグを使って＜head＞～＜/head＞を囲んだのに、headタグが削除されてしまいました。...BBcodeだったら、[notag]というタグを変換させないタグがあるんですけど・・・。

<code>～</code> 内の < > が全て &lt; &gt; になってしまう方が困りませんか？コード内の特定の部分を <strong>～</strong> で強調したいとか、そういうことができた方が便利だと思うのですが…
WYSIWYG エディタでは、普通に文中に記述したタグは自動的に変換され、タグを使っていると意識せずに装飾や強調を行なった場合のタグはそのままタグとして残されますよね。だから WYSIWYG エディタが人気あるのでしょうね。